En 1908 fue recompensado con el Premio Nobel en Química por sus investigaciones en la trasmutación de unos átomos en otros a través de los procesos radiactivos.
El que era físico se tomo con cierta ironía ese premio en Química, indicando que quizás la transmutación más notable era la suya pues siendo físico era premiado como químico.
Sucedería como director a Thomson en el Laboratorio Cavendish, donde seguiría trabajando hasta su muerte en 1937. Fue enterrado en la Abadía de Westminster, cerca de otros dos grandes físicos británicos: Newton y Kelvin.
EL DESCUBRIMIENTO DEL NÚCLEO ATÓMICO
El primer paso para este trascendental descubrimiento era dominar las emisiones de la radiación alfa. Ciertos átomos (mejor dicho, ciertos núcleos de los átomos) son inestables y emiten esa radiación. Por ejemplo, el radón que es un gas que está presente en el aire genera esa radiación. Son partículas que salen muy deprisa de los átomos de Radón y que si lo hacen dentro de nuestro organismo pueden suponer problemas. De hecho, alrededor de un diez por ciento de los cánceres de pulmón son debido a estos procesos y aquí el tabaco no es el responsable. En lugares como Galicia, con presencia de rocas graníticas que emiten ese tipo de gas, es un tema que va creciendo en preocupación. Con seguridad en un futuro más bien próximo será necesario que en la construcción de cualquier vivienda se tenga en cuenta este hecho, garantizando el conveniente venteo de ese gas hacia fuera de las viviendas.
Volvamos a Rutherford, logró utilizar esa radiación formada por partículas diminutas como proyectiles haciéndolas colisionar contra láminas muy finas de diferentes materiales.

Rutherford, a la derecha, con su ayudante Geiger en Manchester en 1908.